Szakmai felelős
Dr. Póliska Szilárd, tudományos munkatárs
- E-mail: poliska@med.unideb.hu
- Telefon: +36 52 411 717 /50216, 50210
Készülék
ABI SeqStudio Genetic Analyzer (Thermo Fisher Scientific)
4 kapillárisos szekvenáló készülék, BigDye 3.1 és BigDye 1.1 szekvenáló kémiára kalibrálva. 600 bázispár hosszúságú, jó minőségű szekvenciák generálásra alkalmas.
Szolgáltatás
- Plazmid szekvenálás
- PCR termék szekvenálás
- Általános szekvenáló primerek biztosítása
|
Primer neve |
Primer szekvenciája |
|---|---|
|
T7 promoter |
GTAATACGACTCACTATAGGG |
|
T7 terminator |
GCTAGTTATTGCTCAGCGG |
|
T3 |
CAATTAACCCTCACTAAAGG |
|
SP6 |
TACGATTTAGGTGACACTATAG |
|
-21M13 Forward |
TGTAAAACGACGGCCAGT |
|
M13 Reverse |
CAGGAAACAGCTATGAC |
|
BGH Reverse |
TAGAAGGCACAGTCGAGG |
|
PGEX Forward |
GGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTG |
|
PGEX Reverse |
CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGG |
Speciális primerrel történő szekvenálás esetén a primert megrendelő személy biztosítja, a szükséges mennyiség 10mM-os koncentrációjú primerből 2ml/reakció.
Fogadott minta
- Tisztított, szekvenálási PCR utáni termék.
- Szekvenálási PCR termék, tisztítás nélkül
- Nukleinsav
- PCR termék: 30 ng mennyiség/szekvenálási reakció
- Plazmid: 300 ng mennyiség/szekvenálási reakció
Az adatokat e-mailben kapja meg a megrendelő. A futtatások eredményét mintánként két fájl tartalmazza. A ’seq’ kiterjesztésű a szekvenciát tartalmazza, ’txt’ fájlként megnyitható. Az ‘ab1’ kiterjesztésű fájl tartalmazza az elektroferogrammot, amely a következő ingyenes programokkal megnyitható:
- 4Peaks (Macintosh OS X).
- Chromas software (Windows/DOS).
Fragmentanalízis
- DS-30 filter D festék szet kalibráció: 6FAM, HEX, NED, ROX.
- DS-33 filter G5 festék szet kalibráció: 6FAM, VIC, NED, PET, LIZ
Csak a megrendelő által előkészített, a DS-30 vagy DS-33 kalibrációkkal kompatibilis mintákat tudjuk fogadni. A fragmentanalízissel kapcsolatban felmerülő további kérdésekkel (kitek, reakció optimalizálás) kérjük, forduljon a ThermoFisher Scientific képviselőihez.