Szakmai felelős
Dr. Póliska Szilárd, tudományos munkatárs
- E-mail: poliska@med.unideb.hu
- Telefon: +36 52 411 717 /50216, 50210
Újgenerációs szekvenálási szolgáltatás (NGS)
Az újgenerációs szekvenálási technológia alkalmazásával elérhetővé vált rövid idő alatt nagy mennyiségű szekvenciaadat generálása, a módszer alkalmas komplex biológiai problémák vizsgálatára: teljes vagy célzott genom, transzkriptóm-szekvenálás, epigenetikai vizsgálatok, metagenom-szekvenálás.
A Genomi Medicina és Bioinformatikai Szolgáltató Laboratóriumban az Illumina által fejlesztett NextSeq500 és MiSeq készülékeken az alább felsorolt vizsgálatok kivitelezhetőek.
Készülékek
Illumina NextSeq500
A készülék alkalmas úgynevezett single read és paired-end szekvenálási futtatásokra, a leolvasás hosszúsága rugalmasan változtatható, így a legtöbb NGS applikációra alkalmazható.
Kapacitás:
|
Flow cel konfiguráció |
Leolvasás hossza |
Adatmennyiség (giga bázispár) |
Futási idő (óra) |
Adatminőség |
|---|---|---|---|---|
|
High-output flow cel (400 M single read, 800 M paired-end read) |
1 x 75 bp |
30 |
11 |
> 80% > Q30 |
|
2 x 75 bp |
60 |
18 |
> 80% > Q30 |
|
|
2 x 150 bp |
120 |
29 |
> 75% > Q30 |
|
|
Mid-output flow cel (130 M single read, 260 M paired-end read) |
2 x 75 bp |
19 |
15 |
> 80% > Q30 |
|
2 x 150 bp |
39 |
26 |
> 75% > Q30 |
Illumina MiSeq
Az Illumina MiSeq az egyik első úgynevezett benchtop szekvenáló készülék. Célzott génpanel, metagenom, amplikon, kisméretű genomok szekvenálására alkalmas készülék. A legújabb szekvenáló reagens használatával 25 millió 2 x 300 bp hosszúságú paired-end szekvenálási leolvasat generálható, ami ~15 giga bázispár adatmennyiséget jelent.
Szolgáltatás szintjén elérhető NGS applikációk (könyvtárkészítéstől a fastq fájlig):
1. Teljes genom szekvenálás
2. Teljes exom vagy célzott genom szekvenálás
3. mRNS szekvenálás (polyA szelektált)
4. Direkcionális/Stranded RNS szekvenálás (riboszómális RNS depletált)
5. mikroRNS szekvenálás
6. ChIP-Seq
7. Metagenom szekvenálás
- 16S V3-V4 régió alapú
- shotgun szekvenálás alapú
8. Amplikon szekvenálás
Szekvenálási adatok átadása/tárolása
A szekvenálási futás után a szolgáltatás részeként elvégezzük a minták demultiplexelését és a FASTQ fájlok létrehozását.
A FASTQ fájlokat az FTP szerverünkön jelszóval védett mappában tesszük elérhetővé.
Az adatok archiválása a megrendelő érdeke és felelőssége, aminek fontosságára ezúton is szeretnénk felhívni a figyelmet: az FTP szerveren megosztott adatot az átadástól számítva 2 hónapig (8 hét) tudjuk megőrizni, ezután az adatokat töröljük.
Minden szekvenálási futtatást a legnagyobb figyelemmel és szakértelemmel kivitelezzük azért, hogy megrendelőink számára jó minőségű adatot generáljunk és adjunk át, azonban nem tudnunk felelősséget vállalni a nem megfelelően előkészített minták esetében, így nem tudjuk garantálni, hogy a szekvenálási adat mennyisége/minősége megfelelő szintű ha:
- a szekvenálási könyvtárat a megrendelő készítette elő, mivel limitált az ellenőrzési lehetőségünk a könyvtárak minőségére;
- a szekvenálásra küldött minták mennyiségi és minőségi paraméterei nem felelnek meg az általunk megadott kritériumoknak;
- nem Illumina (TruSeq vagy Nextera) barcode rendszer alkalmazása esetén.